Assim como as demais partes da loja o Menu Principal também é um módulo que podes ser exibido na loja toda ou em um layout ou parte específica. Para entender melhor sobre Layouts e Rotas da loja, aconselho a dar uma olhadinha neste artigo.
Quando o menu não está ativado para todos os layotus da loja (todas as páginas), ele exibe todas as categorias no lugar da árvore que criou no menu, logo se sua aparece algo como esta aqui:
Basta checar se o Menu Principal está no layout de todas as páginas, para isso acesse o menu de Customização > Menu Principal e nesta tela temos a aba de “Atribuição do Módulo“, aqui deixe marcado a opção de layout para “All Page”, assim ele vai funcionar para todas as páginas da sua loja.
Obs.: Sempre deixe ele na posição de Menu Principal, ele funciona melhor neste posição ok?!